但這三個器官（肠道、骨骼、肾脏）無法自行判斷何時該釋出儲藏的鈣與磷供身體利用，或何時該補充庫存，所以還需要一個決策者，那就是副甲狀腺 (parathyroid gland)。
副甲狀腺通常有四個，分別位於甲狀腺背面的四個角落 (位於下方的兩個腺體位置較不固定，可能出現在頸部的任何地方，例如靠近氣管或甚至心臟)。
副甲狀腺可偵測血液中鈣離子濃度的下降，並釋放出副甲狀腺激素 (parathyroid
hormone，簡寫 PTH)。PTH 是副甲狀腺的信差，隨著血液到達骨骼及腎臟，開始進行調控。
PTH 在骨骼的作用，是將庫存的鈣和磷釋放出來。此一過程牽扯到繁複的骨骼生成與汰舊換新
原則：造骨細胞 (osteoblast) 不斷分泌類骨質，硬化 (累積了鈣與磷酸) 之後，被包住的造骨細胞逐漸失去活性成為骨細胞。由於造骨細胞生成骨骼勢必得從血液中攫取鈣與磷，使血液中的鈣質更少，所以 PTH 必須抑制造骨細胞的功能。另一方面，造骨細胞接收了 PTH 的訊息後，可活化破骨細胞(osteoclast) ，將生成的骨骼分，釋放出鈣、磷酸、和膠元蛋白等。
由於多數的水溶性物質都會被腎臟過濾和回收，所以PTH 只要能減少腎對於磷酸的回收，就等於是促進了磷酸的排除。而這正是 PTH 在腎臟的功能。PTH 在腎臟的另一項功能，是促進維生素D的轉換。活化的維生素D可以增加腸道對於鈣質的吸收，藉此提高血液中的鈣質。
体内由维生素D生成的维生素D的活性型。维生素D本身无生理作用（H．F．De Luca等，1971）。用H3标记的D3进行研究，在肠道被吸收的D3首先在肝脏里发生C25的羟基化作用，变成25-羟基D3，它在肾脏线粒体中变为1，25-二羟基D3后被送至小肠粘膜，促进维生素D特有作用的钙的吸收。也就是在这里诱导小肠中钙蛋白质的合成。同时，1，25-二羟基D3被送至骨胳，以促进钙的集中。除此以外，作为维生素D3的活性型还有24，25-二羟基体和1，24，25-三羟基体。
腎功能不好，首先磷會無法有效地排出，累積在體內，昇鈣素的製造量也會減少，因為腎臟是活化昇鈣素的器官。如此一來，過多的磷會和鈣結合，使得血鈣進一步減少。最後引發副甲狀腺分泌 PTH，想要使血鈣上升。這種情形下，血鈣是上升了沒有錯，但此時腎已經無法排除鈣、磷，於是鈣磷化合物或是鈣本身，就會沉積在體內的血管、 軟組織和關節內。沉澱在血管則會造成血管硬化，彈性變差，高血壓等等的後果。
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